LCPME - UMR 7564

Les différents outils et approches intégrant le plateau BME

La recherche de cibles biologiques en faible concentration dans l’environnement nécessite une association d’approches spécifiques pour les concentrer avant de réaliser un diagnostic qualitatif ou quantitatif. Ainsi, en fonction de la cible et de la matrice, l’étape de concentration s’effectue par filtration, ultrafiltration ou ultracentrifugation en associant le cas échéant une étape d’élution pour les matrices solides.

Le diagnostic s’effectue soit par des techniques de culture (sur cellules eucaryotes pour les virus pathogènes, sur bactéries pour les bactériophages) pour identifier le caractère infectieux dans le cas des virus/phages, soit directement sur les acides nucléiques. Dans ce dernier cas, le plateau offre une diversité d’approches d’extraction d’acides nucléiques par des méthodes automatisées ou manuelles (EasyMag, MiniMag) puis de détection et de quantification par PCR temps réel (qPCR) et PCR digitale (ddPCR). Ces approches peuvent être complétées par des dosages (Nanodrop) et des techniques séparatives (électrophorèse) associée à de l’imagerie. En outre, il est souvent nécessaire de disposer de concentrations en bactériophages importantes et sous forme purifiées pour évaluer les traitements virucides ou réaliser des projets de recherche fondamentale sur ces objets biologiques. Le plateau propose ainsi de produire et purifier des bactériophages.